Este manual proporciona una introducción completa a la teoría y práctica del análisis filogenético de nucleótidos y proteinas. Esta es la segunda edición del texto e incluye seis nuevos capítulos, abarcando temas como la inferencia bayesiana, el test de topología del diagrama de árbol y el impacto de la recombinaciónen en la filogenética. El libro se centra en las pruebas de hipótesis con ensayos sobre el análisis de recombinaciones, además de nuevas secciones sobre la detección de la adaptación molecular y la genética de poblaciones basada en la genealogía. En muchos de los capítulos encontramos ejercicios prácticos, adaptados a las nuevas tecnologías y herramientas varias de software disponibles. Muchas de estas herramientas están explicadas por sus creadores o autores, convirtiendo este manual en una obra de trabajo y referencia de primera mano.