El ADN ambiental (eDNA) se refiere al ADN que se puede extraer de muestras ambientales (como suelo, agua, heces o aire) sin el aislamiento previo de cualquier organismo diana. El análisis de ADN ambiental tiene el potencial de proporcionar información muy útil sobre taxones y genes funcionales en un ambiente dado, y es fácilmente aplicable al estudio de ecosistemas tanto acuáticos como terrestres. Puede proporcionar una comprensión de las comunidades biológicas pasadas o presentes, así como sus relaciones tróficas, y por lo tanto puede ofrecer información útil sobre el funcionamiento del ecosistema.
En la actualidad, existe un interés cada vez mayor entre los biólogos por aplicar el análisis del ADN ambiental. Sin embargo, las buenas prácticas y los protocolos relacionados con el ADN ambiental están actualmente muy dispersos en numerosos documentos, y muchos de ellos solo presentan resultados preliminares y utilizan una diversidad de métodos. En este contexto, el principal objetivo de este práctico manual es proporcionar a los biólogos (tanto estudiantes como investigadores) los conocimientos científicos necesarios para ayudar a comprender e implementar las mejores prácticas y análisis basados en ADN ambiental.